Kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập là một trong những thủ tục quan trọng mà mọi doanh nghiệp phải thực hiện ngay từ những ngày đầu hoạt động, giúp tránh các rủi ro pháp lý và đảm bảo tuân thủ quy định nhà nước. Việc thực hiện đúng cách không chỉ giúp công ty quản lý dòng tiền hiệu quả mà còn xây dựng nền tảng vững chắc cho sự phát triển lâu dài. Hãy cùng ACC Long An khám phá chi tiết để hỗ trợ bạn vượt qua giai đoạn khởi đầu suôn sẻ.

1. Cách kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập chi tiết

Việc kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng từ khâu đăng ký đến nộp tờ khai, dựa trên các quy định tại Luật Thuế GTGT 2024. Theo luật này, doanh nghiệp mới phải đăng ký phương pháp tính thuế GTGT ngay khi thành lập, thường là phương pháp khấu trừ nếu đáp ứng điều kiện về doanh thu và hóa đơn. Quy trình bắt đầu từ việc xác định kỳ kê khai đầu tiên, thường là tháng đầu tiên có phát sinh doanh thu hoặc chi phí liên quan đến GTGT. Doanh nghiệp cần sử dụng phần mềm kê khai điện tử của Cục Thuế để đảm bảo tính chính xác và kịp thời.

Bước 1: Đăng ký mã số thuế và phương pháp kê khai

Sau khi công ty được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, chủ doanh nghiệp phải nộp hồ sơ đăng ký thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong vòng 10 ngày làm việc. Hồ sơ bao gồm bản sao giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, quyết định thành lập và cam kết phương pháp tính thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Việc chọn phương pháp khấu trừ giúp doanh nghiệp được hoàn thuế đầu vào, phù hợp với các công ty có quy mô vừa và lớn. Nếu chọn phương pháp trực tiếp, mức tỷ lệ % trên doanh thu sẽ được áp dụng, nhưng cần đánh giá kỹ để tránh mất lợi ích khấu trừ. Cơ quan thuế sẽ cấp mã số thuế điện tử, là nền tảng cho mọi giao dịch kê khai sau này.

Bước 2: Chuẩn bị dữ liệu hóa đơn và chứng từ

Doanh nghiệp mới cần thu thập đầy đủ hóa đơn GTGT đầu vào và đầu ra từ các giao dịch phát sinh. Theo Thông tư 69/2025/TT-BTC, mọi hóa đơn phải được lập đúng quy định, bao gồm số lượng, giá trị và thuế suất (thường 10% cho hầu hết hàng hóa dịch vụ). Đối với công ty mới, giai đoạn đầu có thể chưa có nhiều giao dịch, nhưng vẫn phải ghi nhận chính xác các chi phí như thuê văn phòng hoặc mua sắm thiết bị. Sử dụng phần mềm kế toán để phân loại và lưu trữ dữ liệu, giúp dễ dàng tính toán số thuế phải nộp hoặc được khấu trừ. Lưu ý kiểm tra tính hợp pháp của chứng từ để tránh bị loại trừ khi quyết toán.

Bước 3: Lập và nộp tờ khai thuế GTGT

Tờ khai được lập theo mẫu 01/GTGT do Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định, với kỳ kê khai hàng tháng hoặc quý tùy theo doanh thu (dưới 50 tỷ đồng/năm thì kê khai quý). Đối với kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập, lần nộp đầu tiên phải thực hiện trước ngày 20 của tháng tiếp theo kỳ phát sinh. Nội dung tờ khai bao gồm tổng giá trị hàng hóa dịch vụ, thuế đầu ra, đầu vào và số thuế nộp. Nếu có số thuế âm, doanh nghiệp có quyền khấu trừ sang kỳ sau theo Luật Thuế GTGT 2024. Nộp trực tuyến qua hệ thống iHTKK hoặc eTax để nhận xác nhận điện tử, đảm bảo tính minh bạch.

Bước 4: Nộp thuế và theo dõi quyết toán

Sau khi nộp tờ khai, doanh nghiệp chuyển khoản số thuế GTGT phải nộp vào tài khoản kho bạc nhà nước trước hạn quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Công ty mới nên theo dõi chặt chẽ thông báo từ cơ quan thuế để tránh chậm trễ, có thể dẫn đến phạt 0,03%/ngày. Cuối năm, thực hiện quyết toán thuế GTGT theo mẫu quy định, điều chỉnh nếu có sai sót từ các kỳ trước. Việc này giúp doanh nghiệp mới hình thành thói quen tuân thủ, đồng thời tối ưu hóa chi phí thuế. Nếu gặp khó khăn, có thể nhờ đơn vị tư vấn để hỗ trợ lập báo cáo chính xác.

2. Các lưu ý quan trọng khi kê khai thuế GTGT cho công ty mới

Khi thực hiện kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập, doanh nghiệp cần chú ý đến việc phân biệt rõ các loại thuế suất áp dụng, chẳng hạn như 0% cho xuất khẩu hoặc 5% cho một số dịch vụ y tế giáo dục theo Luật Thuế GTGT 2024. Một sai lầm phổ biến là không ghi nhận đầy đủ hóa đơn đầu vào, dẫn đến tăng gánh nặng thuế phải nộp. Doanh nghiệp mới thường gặp khó khăn trong việc cập nhật thay đổi quy định, vì vậy nên theo dõi các thông báo từ Cục Thuế qua cổng thông tin điện tử.

Ngoài ra, nếu công ty hoạt động theo mùa vụ hoặc dự án, cần điều chỉnh kỳ kê khai phù hợp để tránh tích lũy nợ thuế. Việc sử dụng hóa đơn điện tử là bắt buộc từ năm 2022, và theo Thông tư 69/2025/TT-BTC, mọi giao dịch phải tuân thủ để tránh bị phạt từ 4-8 triệu đồng. Doanh nghiệp cũng nên lập quỹ dự phòng thuế để đảm bảo dòng tiền ổn định, đặc biệt trong giai đoạn đầu khi doanh thu chưa cao. Hơn nữa, kiểm toán nội bộ định kỳ giúp phát hiện sớm các lỗi kê khai, giảm thiểu rủi ro kiểm tra từ cơ quan thuế. Tổng thể, sự cẩn trọng ở khâu này không chỉ giúp tuân thủ pháp luật mà còn nâng cao uy tín doanh nghiệp với đối tác.

Xem thêm: Doanh nghiệp mới thành lập có được hoàn thuế GTGT? Giải đáp

3. Hồ sơ và thủ tục liên quan đến kê khai thuế GTGT

Hồ sơ kê khai thuế GTGT cho công ty mới bao gồm các tài liệu cơ bản như tờ khai thuế theo mẫu quy định, kèm theo bảng kê hóa đơn đầu vào và đầu ra. Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp phải lưu trữ chứng từ gốc ít nhất 10 năm để phục vụ kiểm tra. Thủ tục nộp hồ sơ có thể thực hiện trực tiếp tại chi cục thuế hoặc qua cổng điện tử, với xác nhận nhận hồ sơ trong vòng 3 ngày làm việc. Đối với kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập, nếu thay đổi phương pháp tính thuế, cần nộp văn bản thông báo trước 10 ngày theo Thông tư 69/2025/TT-BTC.

Các thủ tục bổ sung như đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử yêu cầu mã số thuế và chữ ký số, giúp đơn giản hóa quy trình. Doanh nghiệp mới nên chuẩn bị danh sách nhân sự kế toán có chứng chỉ hành nghề để xử lý hồ sơ chuyên nghiệp. Trong trường hợp chậm nộp, mức phạt được tính theo tỷ lệ phần trăm trên số tiền chậm, vì vậy việc lập kế hoạch thời gian là rất cần thiết. Thủ tục hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp mới cũng được quy định rõ, yêu cầu hồ sơ chứng minh số thuế âm và không nợ thuế khác. Tổng hợp lại, việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ giúp quy trình kê khai diễn ra mượt mà, tránh các trở ngại không đáng có.

4. Câu hỏi thường gặp

Công ty mới thành lập có phải kê khai thuế GTGT ngay từ tháng đầu không?

Có, theo Luật Thuế GTGT 2024, công ty mới phải kê khai thuế GTGT cho kỳ đầu tiên có phát sinh doanh thu hoặc chi phí liên quan, thường trước ngày 20 của tháng tiếp theo. Nếu chưa có giao dịch, doanh nghiệp vẫn cần nộp tờ khai với số liệu bằng không để duy trì hồ sơ.

Phương pháp khấu trừ thuế GTGT có lợi gì cho công ty mới?

Phương pháp khấu trừ cho phép doanh nghiệp trừ thuế đầu vào từ thuế đầu ra, giảm số thuế phải nộp thực tế theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Đối với công ty mới, điều này đặc biệt hữu ích khi chi phí đầu tư ban đầu cao, như mua tài sản cố định. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải có doanh thu trên 1 tỷ đồng/năm để áp dụng, và cần hóa đơn hợp lệ.

Làm thế nào nếu sai sót trong kê khai thuế GTGT lần đầu?

Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp có thể điều chỉnh trong tờ khai kỳ sau hoặc nộp bổ sung theo Thông tư 69/2025/TT-BTC, kèm giải trình lý do. Cơ quan thuế sẽ xử lý trong 10 ngày, và nếu không cố ý, có thể miễn phạt. Công ty mới nên kiểm tra kỹ trước nộp để tránh, nhưng nếu xảy ra, liên hệ ngay chi cục thuế để được hướng dẫn.

Kê khai thuế GTGT cho công ty mới thành lập đòi hỏi sự chính xác và tuân thủ nghiêm ngặt để tránh các rủi ro không đáng có, đồng thời giúp doanh nghiệp tối ưu hóa lợi ích thuế. Với kinh nghiệm hỗ trợ hàng trăm doanh nghiệp, chúng tôi khuyên bạn nên bắt đầu quy trình một cách chuyên nghiệp ngay từ đầu. Để nhận tư vấn miễn phí và hỗ trợ thực hiện, hãy liên hệ ACC Long An ngay hôm nay, đội ngũ chuyên gia sẽ đồng hành cùng bạn xây dựng nền tảng pháp lý vững chắc.