Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập là một thủ tục quan trọng mà bất kỳ chủ doanh nghiệp nào cũng cần nắm rõ để tránh rủi ro pháp lý và đảm bảo hoạt động kinh doanh suôn sẻ. Việc kiểm tra này giúp cơ quan thuế xác định tính chính xác của hồ sơ thuế, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định. Trong bối cảnh kinh tế số phát triển nhanh chóng, việc chuẩn bị kỹ lưỡng cho thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập không chỉ giúp tránh phạt mà còn xây dựng nền tảng vững chắc cho sự phát triển lâu dài. Cùng ACC Long An tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Đơn vị thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập nên làm gì?

Khi cơ quan thuế tiến hành thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp cần hành động nhanh chóng và chuyên nghiệp để đảm bảo quá trình diễn ra suôn sẻ. Theo Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có nghĩa vụ cung cấp đầy đủ thông tin và tài liệu liên quan khi nhận được thông báo kiểm tra.

Trước hết, hãy kiểm tra tính hợp pháp của thông báo kiểm tra, bao gồm chữ ký của người có thẩm quyền và thời hạn quy định. Nếu thông báo hợp lệ, doanh nghiệp nên tổ chức họp nội bộ để phân công trách nhiệm, chuẩn bị hồ sơ thuế từ thời điểm thành lập như báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn, chứng từ kế toán và các khoản kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT). Việc này giúp tránh tình trạng thiếu sót dẫn đến truy thu hoặc phạt hành chính. Hơn nữa, doanh nghiệp mới thường gặp khó khăn trong việc sắp xếp hồ sơ do quy mô nhỏ, vì vậy nên ưu tiên kiểm kê các giao dịch từ đầu năm để khớp với dữ liệu hệ thống.

Trong trường hợp phát hiện sai sót, hãy chủ động ghi nhận và chuẩn bị giải trình dựa trên Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi), quy định về quản lý hóa đơn điện tử, nhằm thể hiện sự hợp tác với cơ quan thuế. Cuối cùng, sau kiểm tra, doanh nghiệp cần lưu trữ biên bản để làm cơ sở theo dõi các quyết định sau này, giúp giảm thiểu rủi ro tranh chấp.

2. Các trường hợp cơ quan thuế tiến hành kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập

Cơ quan thuế thường thực hiện thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập trong một số trường hợp cụ thể nhằm đảm bảo tuân thủ pháp luật ngay từ giai đoạn đầu. Theo Luật Quản lý thuế 2019, một trong những lý do phổ biến là kiểm tra định kỳ đối với doanh nghiệp đăng ký mới trong vòng 12 tháng đầu hoạt động, đặc biệt nếu có dấu hiệu bất thường như doanh thu cao nhưng kê khai thuế thấp hoặc sử dụng hóa đơn không đúng quy định.

Ví dụ, nếu doanh nghiệp mới thành lập nhưng đã phát sinh giao dịch lớn mà không kê khai đầy đủ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), cơ quan thuế có quyền kiểm tra để xác minh tính chính xác. Ngoài ra, Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi) nhấn mạnh việc kiểm tra hóa đơn điện tử, nên nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn sai sót hoặc không đồng bộ với hệ thống của Tổng cục Thuế, đây sẽ là lý do để kiểm tra đột xuất. Các trường hợp khác bao gồm khiếu nại từ đối tác hoặc dữ liệu từ hệ thống quản lý thuế quốc gia cho thấy sự không nhất quán.

Doanh nghiệp mới thường bị kiểm tra do thiếu kinh nghiệm, dẫn đến lỗi như chậm nộp tờ khai hoặc không lưu trữ chứng từ gốc. Việc hiểu rõ các trường hợp này giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị, tránh bị bất ngờ và giảm thiểu chi phí phát sinh từ phạt chậm nộp hoặc truy thu thuế.

Xem thêm: Tham khảo mẫu thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế

3. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp trong quá trình kiểm tra thuế

Trong thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp vừa có quyền bảo vệ lợi ích hợp pháp vừa phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ theo quy định pháp luật. Luật Quản lý thuế 2019 quy định rõ doanh nghiệp có quyền yêu cầu cơ quan thuế cung cấp lý do kiểm tra cụ thể và thời gian thực hiện không quá 10 ngày làm việc đối với kiểm tra tại trụ sở, trừ trường hợp đặc biệt. Doanh nghiệp cũng có quyền khiếu nại nếu phát hiện vi phạm thủ tục từ phía cơ quan thuế, chẳng hạn như kiểm tra ngoài giờ hành chính mà không thông báo trước.

Về nghĩa vụ, doanh nghiệp phải cung cấp toàn bộ hồ sơ liên quan như sổ sách kế toán, hợp đồng kinh tế và dữ liệu điện tử theo Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi), đảm bảo tính chính xác và kịp thời. Nếu từ chối cung cấp mà không có lý do chính đáng, doanh nghiệp có thể bị phạt từ 20% đến 100% số thuế liên quan.

Đối với doanh nghiệp mới, việc này đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận kế toán và lãnh đạo, giúp xây dựng uy tín với cơ quan thuế. Hơn nữa, doanh nghiệp có quyền yêu cầu biên bản kiểm tra chi tiết và giải trình các phát hiện sai sót, từ đó điều chỉnh kịp thời để tránh ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh sau này.

Xem thêm: Không kê khai thuế khi mới thành lập công ty có sao không?

4. Lưu ý quan trọng để chuẩn bị hiệu quả cho việc kiểm tra thuế

Để đối phó tốt với thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp cần chú trọng một số lưu ý thiết thực nhằm giảm thiểu rủi ro và tối ưu hóa quy trình. Trước hết, hãy xây dựng hệ thống kế toán nội bộ vững chắc ngay từ khi thành lập, sử dụng phần mềm kế toán tích hợp với hệ thống hóa đơn điện tử theo Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi), giúp dữ liệu luôn đồng bộ và dễ tra cứu. Doanh nghiệp mới thường mắc lỗi do thiếu nhân sự chuyên môn, vì vậy nên thuê dịch vụ kế toán bên ngoài để kiểm tra định kỳ hồ sơ thuế, đảm bảo tuân thủ Luật Quản lý thuế 2019 về thời hạn kê khai.

Khi nhận thông báo kiểm tra, hãy lập danh sách tài liệu cần chuẩn bị, bao gồm báo cáo tài chính, chứng từ chi phí và dữ liệu giao dịch, đồng thời sao lưu toàn bộ để tránh mất mát. Một lưu ý khác là đào tạo nhân viên về quyền lợi khi làm việc với thanh tra thuế, tránh cung cấp thông tin thừa dẫn đến hiểu lầm. Sau kiểm tra, doanh nghiệp nên phân tích biên bản để rút kinh nghiệm, như cải thiện quy trình lưu trữ hóa đơn, giúp giảm tần suất kiểm tra trong tương lai. Những lưu ý này không chỉ giúp doanh nghiệp vượt qua kiểm tra mà còn nâng cao hiệu quả quản lý thuế tổng thể.

5. Câu hỏi thường gặp

Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập diễn ra bao lâu?

Thời gian thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập thường kéo dài từ 5 đến 10 ngày làm việc tại trụ sở doanh nghiệp, theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019. Trong trường hợp kiểm tra hồ sơ, thời hạn có thể lên đến 30 ngày nếu cần xác minh thêm thông tin từ bên thứ ba. Doanh nghiệp mới nên chuẩn bị sẵn sàng để rút ngắn thời gian, tránh ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh. Nếu vượt quá thời hạn, doanh nghiệp có quyền khiếu nại để bảo vệ quyền lợi. Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi) cũng hỗ trợ bằng cách quy định rõ quy trình kiểm tra hóa đơn, giúp quá trình diễn ra nhanh chóng hơn nếu hồ sơ đầy đủ.

Doanh nghiệp mới có bị phạt nếu phát hiện sai sót trong kiểm tra thuế?

Có, doanh nghiệp mới có thể bị phạt nếu phát hiện sai sót trong thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập, nhưng mức phạt phụ thuộc vào tính chất vi phạm theo Luật Quản lý thuế 2019. Sai sót do lỗi vô ý như chậm kê khai có thể bị phạt 20% số thuế chậm nộp, trong khi cố ý trốn thuế có thể lên đến 3 lần số thuế trốn. Tuy nhiên, nếu chủ động khai báo và khắc phục, doanh nghiệp có thể được giảm phạt theo quy định. Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi) nhấn mạnh việc sử dụng hóa đơn đúng cách để tránh phạt liên quan đến chứng từ. Doanh nghiệp nên ghi nhận bài học từ kiểm tra để cải thiện.

Làm thế nào để khiếu nại kết quả kiểm tra thuế?

Để khiếu nại kết quả thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp cần nộp đơn khiếu nại bằng văn bản đến cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận quyết định, theo Luật Quản lý thuế 2019. Đơn phải nêu rõ lý do, kèm chứng cứ chứng minh sai sót trong biên bản kiểm tra. Cơ quan thuế sẽ xem xét và trả lời trong 30 ngày, nếu không đồng ý có thể khiếu nại lên cấp cao hơn. Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi) hỗ trợ bằng cách quy định rõ thủ tục liên quan đến hóa đơn, giúp doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ khiếu nại hiệu quả. Việc khiếu nại đúng cách giúp bảo vệ quyền lợi và tránh thiệt hại không đáng có.

Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng để tránh các rủi ro không đáng có, đồng thời giúp doanh nghiệp khẳng định vị thế tuân thủ pháp luật. Việc nắm vững quy định từ Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 80/2021/TT-BTC (Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi) sẽ mang lại lợi thế lớn trong hoạt động kinh doanh. Đừng để thủ tục thuế trở thành gánh nặng – hãy hành động ngay để đảm bảo sự phát triển bền vững. Để được hỗ trợ chuyên sâu, hãy liên hệ ACC Long An ngay hôm nay.