Xuất hóa đơn chuyển nhượng cổ phần đang là vấn đề được nhiều doanh nghiệp và nhà đầu tư quan tâm, đặc biệt khi các quy định về hóa đơn điện tử ngày càng chặt chẽ. Thủ tục này không chỉ đảm bảo tính minh bạch trong giao dịch mà còn giúp tránh các rủi ro pháp lý liên quan đến thuế. Cùng ACC Long An khám phá chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Có phải xuất hóa đơn chuyển nhượng cổ phần nữa không?

Hoạt động chuyển nhượng cổ phần là việc chuyển giao quyền sở hữu cổ phần trong công ty cổ phần theo quy định của Luật Doanh nghiệp 2020. Về bản chất, đây là giao dịch chuyển nhượng vốn, không phải cung ứng hàng hóa, dịch vụ. Do đó, việc có bắt buộc xuất hóa đơn hay không cần được xem xét trên cơ sở pháp luật về thuế và hóa đơn hiện hành.

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ, hóa đơn được lập khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Trong khi đó, Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn xác định chuyển nhượng vốn, bao gồm chuyển nhượng cổ phần, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, pháp luật về hóa đơn không loại trừ nghĩa vụ lập hóa đơn đối với các khoản thu từ hoạt động kinh doanh, kể cả trường hợp không chịu thuế GTGT. Trên thực tế áp dụng, cơ quan thuế thường yêu cầu bên chuyển nhượng (đặc biệt là tổ chức kinh doanh) lập hóa đơn điện tử ghi nhận giá chuyển nhượng, đồng thời gạch bỏ dòng thuế suất, tiền thuế GTGT và thể hiện rõ nội dung “không chịu thuế GTGT”.

Như vậy, về nguyên tắc quản lý thuế và chứng từ, đối với tổ chức có hoạt động kinh doanh thì khi phát sinh thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần vẫn nên và thực tế được yêu cầu lập hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC để làm căn cứ kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp. Đối với cá nhân không kinh doanh, nghĩa vụ trọng tâm là kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân; chứng từ chủ yếu là hợp đồng chuyển nhượng và tài liệu thanh toán, không đặt nặng yêu cầu hóa đơn GTGT như đối với doanh nghiệp.

2. Quy định cụ thể về chứng từ trong chuyển nhượng cổ phần

Chuyển nhượng cổ phần là giao dịch làm thay đổi quyền sở hữu vốn trong công ty cổ phần, do đó hệ thống chứng từ phải đồng thời đáp ứng yêu cầu của pháp luật doanh nghiệp và pháp luật thuế. Việc chuẩn bị đầy đủ chứng từ không chỉ phục vụ kê khai thuế mà còn là cơ sở đăng ký thay đổi cổ đông theo quy định.

• Chứng từ pháp lý về doanh nghiệp và giao dịch

Theo Luật Doanh nghiệp 2020, việc chuyển nhượng cổ phần được thực hiện thông qua hợp đồng hoặc giao dịch trên thị trường chứng khoán (đối với công ty đại chúng). Hợp đồng chuyển nhượng phải thể hiện rõ thông tin các bên, số lượng cổ phần, loại cổ phần, giá chuyển nhượng, phương thức thanh toán và thời điểm chuyển giao quyền sở hữu. Sau khi hoàn tất, công ty có trách nhiệm cập nhật Sổ đăng ký cổ đông.

Trường hợp Điều lệ công ty quy định hạn chế chuyển nhượng hoặc cần chấp thuận của Đại hội đồng cổ đông/Hội đồng quản trị, phải có thêm nghị quyết hoặc biên bản họp làm căn cứ hợp lệ. Đây là nhóm chứng từ bắt buộc để xác định tính hợp pháp của giao dịch, độc lập với nghĩa vụ hóa đơn.

• Chứng từ thuế và hóa đơn điện tử

Về góc độ thuế, Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ phải lập hóa đơn khi phát sinh giao dịch. Mặc dù chuyển nhượng cổ phần không chịu thuế GTGT, nhưng nếu bên chuyển nhượng là tổ chức có đăng ký kinh doanh, khoản thu này được xem là doanh thu tài chính và phải ghi nhận bằng hóa đơn điện tử. Hóa đơn thể hiện giá chuyển nhượng, không ghi thuế suất và tiền thuế GTGT.

Đối với cá nhân chuyển nhượng, căn cứ Luật Thuế thu nhập cá nhân và Luật Quản lý thuế 2019, thuế TNCN từ chuyển nhượng chứng khoán (bao gồm cổ phần) được tính theo tỷ lệ 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần. Hồ sơ khai thuế gồm tờ khai, hợp đồng chuyển nhượng và chứng từ thanh toán; pháp luật không bắt buộc cá nhân không kinh doanh phải lập hóa đơn GTGT.

• Thời điểm lập và lưu trữ chứng từ

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc hoàn thành việc cung cấp dịch vụ, không phụ thuộc đã thu tiền hay chưa, trừ trường hợp thu tiền trước hoặc trong khi cung ứng. Trong chuyển nhượng cổ phần, thời điểm phù hợp thường là khi hoàn tất việc chuyển quyền và thanh toán theo hợp đồng.

Hóa đơn điện tử và chứng từ liên quan phải được lưu trữ theo quy định của Luật Kế toán và Luật Quản lý thuế, tối thiểu 10 năm. Việc không lập hóa đơn hoặc lập sai thời điểm có thể bị xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.

>> Đọc thêm: Dịch vụ tư vấn chuyển nhượng vốn uy tín trọn gói

3. Các trường hợp đặc biệt cần xem xét xuất hóa đơn chuyển nhượng cổ phần

Trong thực tiễn, không phải mọi giao dịch chuyển nhượng cổ phần đều có cấu trúc đơn giản giữa hai bên. Một số tình huống đặc thù làm phát sinh nghĩa vụ hóa đơn rõ ràng hơn hoặc kéo theo nhiều nghĩa vụ thuế bổ sung.

Trường hợp thứ nhất là chuyển nhượng cổ phần kèm theo dịch vụ trung gian, tư vấn, môi giới. Khi công ty chứng khoán, tổ chức tư vấn tài chính hoặc công ty luật cung cấp dịch vụ hỗ trợ giao dịch, các khoản phí này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT và bắt buộc phải xuất hóa đơn theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Cần tách bạch rõ giá trị chuyển nhượng cổ phần (không chịu thuế GTGT) với phí dịch vụ (chịu thuế GTGT) để tránh nhầm lẫn trong kê khai.

Trường hợp thứ hai là giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết. Theo Luật Quản lý thuế 2019 và quy định về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết, cơ quan thuế có quyền ấn định lại giá chuyển nhượng nếu phát hiện giá không phù hợp với giá thị trường. Khi đó, hóa đơn đã lập là căn cứ quan trọng để cơ quan thuế kiểm tra và điều chỉnh.

Trường hợp thứ ba là chuyển nhượng cổ phần trong công ty đại chúng, giao dịch qua sàn chứng khoán. Giao dịch được thực hiện theo cơ chế riêng của pháp luật chứng khoán; công ty chứng khoán và Trung tâm lưu ký thực hiện khấu trừ, kê khai thuế thay cho cá nhân. Tuy nhiên, đối với tổ chức chuyển nhượng ngoài sàn hoặc giao dịch thỏa thuận lớn, nghĩa vụ hóa đơn và kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp vẫn phải thực hiện đầy đủ theo quy định chung.

Ngoài ra, nếu giao dịch có yếu tố nước ngoài, như nhà đầu tư nước ngoài chuyển nhượng cổ phần tại doanh nghiệp Việt Nam, cần xem xét thêm quy định của Luật Đầu tư và các hiệp định tránh đánh thuế hai lần. Trong nhiều trường hợp, cơ quan thuế yêu cầu cung cấp hợp đồng chuyển nhượng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và hóa đơn (nếu có) để xác định nghĩa vụ thuế nhà thầu hoặc thuế thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

>> Đọc thêm: Thủ tục chuyển nhượng vốn góp trong công ty TNHH mới nhất

4. Lưu ý quan trọng khi thực hiện thủ tục chuyển nhượng cổ phần

Chuyển nhượng cổ phần không chỉ là giao dịch dân sự mà còn kéo theo hàng loạt hệ quả pháp lý về doanh nghiệp và thuế. Do đó, việc thực hiện đúng trình tự và kiểm soát rủi ro chứng từ là yếu tố then chốt bảo đảm an toàn pháp lý.

Trước hết, cần rà soát điều kiện chuyển nhượng theo Luật Doanh nghiệp 2020 và Điều lệ công ty. Cổ phần ưu đãi biểu quyết bị hạn chế chuyển nhượng trong thời hạn nhất định, trừ trường hợp theo quyết định của Tòa án hoặc thừa kế. Nếu vi phạm hạn chế này, giao dịch có thể bị vô hiệu. Đồng thời, phải cập nhật kịp thời Sổ đăng ký cổ đông và thông báo thay đổi thông tin cổ đông sáng lập (nếu thuộc diện phải đăng ký) với cơ quan đăng ký kinh doanh.

Về thuế, cần xác định chính xác loại thuế áp dụng. Đối với tổ chức, thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần được tính vào thu nhập khác và chịu thuế thu nhập doanh nghiệp với thuế suất phổ thông 20% trên phần chênh lệch giữa giá chuyển nhượng và giá vốn, chi phí hợp lý liên quan. Đối với cá nhân, thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng chứng khoán được tính theo tỷ lệ 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần. Hồ sơ khai thuế phải nộp đúng thời hạn theo Luật Quản lý thuế 2019; chậm nộp sẽ bị tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm.

Cần đặc biệt lưu ý về thời điểm lập hóa đơn và ghi nhận doanh thu kế toán. Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn phải lập đúng thời điểm chuyển giao quyền sở hữu. Việc lập sai thời điểm hoặc không lập hóa đơn khi thuộc diện bắt buộc có thể bị xử phạt hành chính, đồng thời làm sai lệch báo cáo tài chính. Doanh nghiệp nên phối hợp giữa bộ phận pháp chế, kế toán và tư vấn thuế để đảm bảo thống nhất về hồ sơ, giá trị giao dịch và nghĩa vụ kê khai.

Cuối cùng, toàn bộ hợp đồng, hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và nghị quyết nội bộ cần được lưu trữ đầy đủ, phục vụ thanh tra, kiểm tra thuế. Việc chuẩn hóa quy trình nội bộ về chuyển nhượng cổ phần sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế tối đa nguy cơ bị ấn định thuế hoặc xử phạt do vi phạm quy định về hóa đơn, chứng từ.

5. Câu hỏi thường gặp

Chuyển nhượng cổ phần có phải chịu thuế giá trị gia tăng không?

Không. Theo pháp luật thuế GTGT, chuyển nhượng vốn, bao gồm chuyển nhượng cổ phần, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, nếu bên chuyển nhượng là doanh nghiệp, vẫn phải lập hóa đơn điện tử ghi nhận giá chuyển nhượng và thể hiện nội dung không chịu thuế GTGT để làm căn cứ kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp.

Thời hạn kê khai thuế sau khi chuyển nhượng cổ phần là bao lâu?

Đối với cá nhân chuyển nhượng chứng khoán, thời hạn khai và nộp thuế thực hiện theo từng lần phát sinh hoặc theo cơ chế khấu trừ tại nguồn (nếu giao dịch qua công ty chứng khoán). Đối với tổ chức, thu nhập từ chuyển nhượng được kê khai vào kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng theo Luật Quản lý thuế 2019.

Nếu không xuất hóa đơn khi thuộc diện bắt buộc thì hậu quả thế nào?

Trường hợp doanh nghiệp có nghĩa vụ lập hóa đơn mà không thực hiện, cơ quan thuế có thể xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đồng thời ấn định doanh thu tính thuế. Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp còn có thể bị truy thu thuế và tính tiền chậm nộp, ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí và uy tín trong hoạt động kinh doanh.

Xuất hóa đơn chuyển nhượng cổ phần là yếu tố then chốt giúp giao dịch kinh doanh diễn ra minh bạch và hợp pháp, dù không phải lúc nào cũng bắt buộc theo quy định hiện hành. Việc nắm vững các quy định từ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro không đáng có. Để được hỗ trợ cụ thể và chuyên sâu, hãy liên hệ ACC Long An ngay hôm nay, nơi đội ngũ chuyên gia sẵn sàng đồng hành cùng bạn trong mọi thủ tục pháp lý.